Продукты

Предсказуемая трехмерная структура двухцепочечной ДНК делает ее идеально подходящей в качестве шаблона для восходящего проектирования активных сайтов на основе функционализированных нуклеиновых кислот.Здесь мы исследуем использование 14-мерного дуплекса ДНК в качестве каркаса для точного и предсказуемого позиционирования каталитических функций.Учитывая повсеместное участие имидазольной группы на основе гистидина в событиях распознавания и катализа белков, были исследованы одиночные гистидин-подобные модифицированные дуплексы.Связывание гистамина с С5 тиминового основания посредством амидной связи позволяет гибко размещать функцию имидазола в большой бороздке.Взаимные взаимодействия между имидазолом и дуплексом и его влияние на pKaH имидазолия исследованы путем помещения одного модифицированного тимина в четыре разных положения в центре двойной спирали 14-члена.Используя ЯМР и неограниченную молекулярную динамику, установлен структурный мотив, связанный с образованием водородной связи между имидазолом и стороной Хугстена гуаниновых оснований двух соседних пар оснований GC.Этот мотив способствует стабилизации против термического плавления при 6 ° C и является ключевым в модуляции pKaH группы имидазолия.Описаны общие черты, предпосылки и родовой характер нового мотива, регулирующего pKaH.