Продукты

Недавно мы сообщали, что пиреновые нуклеотиды преимущественно встраиваются напротив абазичного сайта, 3'-Т димера тимина и большинства неповрежденных оснований дрожжевой ДНК-полимеразой эта (полета).Поскольку пирен представляет собой неполярную молекулу, не обладающую способностью связывания Н-связей, необычно высокая эффективность вставки dPMP приписывается его превосходной способности к стэкингу оснований и подчеркивает важность стэкинга оснований при отборе нуклеотидов с помощью poleta.Чтобы исследовать роль Н-связей и геометрии пар оснований в отборе нуклеотидов с помощью полюса, мы определили эффективность вставки модифицированных оснований нуклеотидов 2,6-диаминопурина, 2-аминопурина, 6-хлорпурина и инозина, которые сделать различное количество Н-связей с основанием шаблона в зависимости от геометрии пары оснований.Спаривание оснований Уотсона-Крика, по-видимому, играет важную роль в выборе аналогов нуклеотидов для вставки напротив С и Т, о чем свидетельствует снижение относительной эффективности вставки с уменьшением числа Н-связей Уотсона-Крика и увеличение количество донорно-донорных и акцепторно-акцепторных взаимодействий.Селективность вставки нуклеотидов больше напротив 5'-Т, чем 3'-Т димера тимина, в соответствии с предыдущей работой, предполагающей, что 5'-Т удерживается более жестко, чем 3'-Т.Кроме того, вставка А напротив обеих Т димера, по-видимому, опосредуется спариванием оснований Уотсона-Крика, а не спариванием оснований Хугстина, исходя из почти одинаковой эффективности встраивания А и 7-деаза-А, в последнем из которых отсутствует Н- способность склеивания на N7.Относительная эффективность вставки нуклеотидов, которые могут образовывать пары оснований Уотсона-Крика, аналогична таковой для фрагмента Кленова, тогда как фрагмент Кленова более сильно дискриминирует несовпадения в соответствии с его большей избирательностью формы.Эти результаты подчеркивают важность Н-связей и геометрии пар оснований Уотсона-Крика в отборе нуклеотидов как полюсом, так и фрагментом Кленова, а также меньшую роль выбора формы при вставке полюсом из-за его более открытого и менее ограниченный активный сайт.