Продукты

Анализ событий фосфорилирования всего протеома до сих пор является серьезной аналитической задачей из-за огромной сложности сетей фосфорилирования белков.В этой работе мы оцениваем комплементарность Lys-N, Lys-C и трипсина в отношении их способности вносить вклад в глобальный анализ фосфопротеома.Усовершенствованная версия сильного катионного обмена с низким рН использовалась для эффективного разделения ацетилированных, фосфорилированных и немодифицированных пептидов с N-конца.В общей сложности 5036 неперекрывающихся фосфопептидов могут быть идентифицированы с коэффициентом ложного обнаружения <1% из 1 мг белка с использованием комбинации трех ферментов.Наши данные показали, что перекрытие между наборами данных по фосфопептидам, сгенерированными с помощью разных протеаз, было незначительным, тогда как перекрытие между двумя аналогично сгенерированными наборами данных по трипсину оказалось как минимум в 4 раза выше.Таким образом, параллельное использование Lys-N и трипсина позволило увеличить количество обнаруженных фосфопептидов на 72% по сравнению с одним трипсином, тогда как повторный эксперимент с трипсином привел только к увеличению на 25%.Таким образом, сосредоточившись исключительно на данных по трипсину и Lys-N, мы идентифицировали 4671 неперекрывающийся фосфопептид.Дальнейший анализ обнаруженных сайтов показал, что наборы данных Lys-N и трипсин были обогащены значительно отличающимися мотивами фосфорилирования, что еще раз доказывает, что мультипротеазные подходы очень ценны в анализе фосфопротеома.